為提升南瓜果實品質，應於適當時期採收南瓜，才能兼顧產量與品質。臺灣市場南瓜有多種類型，包括中國南瓜和西洋南瓜等，不同類型的南瓜採收適期都不同，採收時可依據授粉後天數、果重、品種固有色澤、果皮的蠟粉、果梗木質化與果實硬度等綜合判斷。農委會高雄區農業改良場(以下簡稱高雄場)提供南瓜採收適期判斷方式，供栽種農民收穫及消費者選購時之參考。
高雄場場長戴順發指出，因南瓜為非更年性(non-climacteric)果實，果實需成熟後才可採收，果實若提早採收，置於室溫也無法後熟，造成口感及食味差；而果實採收若過遲，較不耐貯運。中國南瓜開花後約 45-55 天可以採收，如南瓜「澎湖 1 號」開花後約 44 天採收；「澎湖 2 號」開花後約 46 天採收；「阿成」開花後約 45 天採收，若太早採收則果實糖度低，口感也較差。採收適期判斷可由果梗顏色判斷，當果梗變成黃褐色為採收指標，另果皮具有白色蠟粉，果皮非綠色部分由白色變成黃褐色為採收重要的特徵。另外，南瓜「高雄 2 號」(母本為胡桃南瓜)果皮的白色蠟粉較不明顯，採收時果皮顏色以黃褐色為佳。根據上述特徵進行綜合評估，採收最佳品質的南瓜。
高雄場進一步指出，西洋南瓜播種到採收約 95-110 天，如南瓜‘黑海’開花後約 110 天採收，南瓜‘一品’播種到採收約 95 天。採收適期可由果梗木質化(成熟果實)、果實硬度(成熟果實較硬)、果實重量(「黑海」2.0-2.5 公斤；「一品」1.5 公斤)、果實色澤(「仁壽」為綠色；「東昇」為金紅色)與果實同節位的葉片顏色(葉片變黃)等特徵綜合判斷。
因此，南瓜果實的採收可以依據授粉後天數、果重、品種固有色澤、果皮的蠟粉、果梗木質化、果實硬度與果實同節位的葉片顏色等判斷，採收口感佳與食味性佳之南瓜果實。
